动植物基因组重测序

动植物基因组重测序

对已知基因组序列的物种进行高通量测序，获得大量可遗传的变异信息，实现遗传进化分析及重要性状候选基因的预测。

变异检测（PacBio/Illumina）

对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测序，在全基因组水平上发现不同个体或组织细胞之间的差异信息，从而获得生物群体的遗传特征。

群体进化（PacBio/Illumina）

通过获得某物种自然群体各亚群的SNP、InDel等变异信息，解析群体的遗传多样性、遗传结构、群体进化动态等生物学问题，从分子层面深入研究该物种的进化历程。

全基因组关联分析（PacBio/Illumina）

利用基因组中大量的SNP和SV为分子遗传标记，进行全基因组水平上的对照分析或相关性分析，通过比较发现影响复杂性状的基因变异的一种策略。

BSA性状定位

通过在群体中挑选极端或代表性性状的个体组成混池，研究混池之间等位基因/分子标记频率的差异，进行性状相关定位。

遗传图谱

是指基因组中基因以及专一的多态性标记之间相对位置的图谱。主要通过两点测验和三点测验对统计的各种带型个体数进行连锁分析计算，建立连锁遗传图谱。

文章案例

全基因组关联分析（GWAS）揭示不同科作物驯化中存在基因平行选择

作物驯化是现代农业的起源，同作物在从野生种到栽培种的驯化过程中，一些农艺性状表现出趋同驯化的现象，控制这些性状的基因是否在不同物种驯化中受到平行选择一直是进化研究的重要科学命题。基于此，贝瑞基因助力中国科学院遗传与发育生物学研究所，美国乔治亚大学等处的研究人员通过全基因组重测序进行了一项研究，研究人员通过对不同的大豆种质资源进行全基因组重测序与全基因组关联分析，鉴定到一个控制大豆种皮绿色的G基因，该基因在大豆驯化过程中受到选择，且与大豆种子休眠减弱相关。进一步研究发现，G蛋白可能通过与调控植物休眠激素脱落酸（ABA）合成蛋白NCED3、PSY相互作用，调节ABA在种子中的积累，从而影响种子休眠。该基因被发现在多个科作物驯化中受到平行选择的基因，这对于新物种的驯化具有重要指导意义。

参考文献

Wang Min, Li Wenzhen, Fang Chao et al. Parallel selection on a dormancy gene during domestication of crops from multiple families[J]. Nat Genet, 2018, 50: 1435-1441.