推荐以下用户使用该试剂盒:
当单个样本所需的数据量小于单个测序芯片所能生成的数据总量时,则可以使用条形码标签或 混样文库测序:它允许用户将多个样本混合,并同时进行测序,从而更有效地使用测序芯片。
快速条码试剂盒(Rapid Barcoding Kit)包含简单的两步操作,在提取gDNA后,可在10分钟内生成条码测序文库。试剂盒包含一个转座酶,可同时切割模板分子并将条码标签附加到切割末端:试剂盒中有12个独特的条码标签。混合带有条码标签的样本后,将快速测序接头(Rapid Sequencing Adapters)添加到标记的末端。
快速条码试剂盒详情:
特征 | 性质 |
制备时间 | 10分钟 |
起始样本要求 | 400ng的高分子量基因组DNA(gDNA)(大于30kb) |
是否需要PCR | 否 |
片段化 | 基于转座酶 |
读长 | 随机分布,取决于输入片段长度 |
产生读长类型 | 1D |
典型通量* | ••• |
相关实验方案 | 快速条码试剂盒(Rapid Barcoding Kit) 芯片清洗试剂盒(Flow Cell Wash Kit) |
包装规格 | 6个反应 |
稳定性 | 运输温度:2–8°C 长期储存温度:-20°C |
兼容性 | 测序芯片: FLO-MIN106 FLO-MIN107 |
该试剂盒已针对其简单性和快捷性进行了优化,优化并不针对获得最大通量。尽管需要转座酶进行DNA片段化,但由于工作流程简单,以及对样本处理需求小(如仅有极少的移液步骤以及无需纯化),使用此试剂盒仍可以得到较长的读长。然而,若需在测序中观察到长读长,则起始样本中必须存在长片段。
在使用快速条码试剂盒构建大肠杆菌(E.Coli)文库时观察到的典型读长长度直方图
该工作流程无需PCR,因此可以消除PCR扩增偏好性,保留碱基修饰信息,可以利用Nanopore Community开发的工具对这些信息进行分析。
利用Albacore和EPI2ME能够对条形码标记的测序数据进行去卷积(或反卷积,deconvolution)分析,通过对条形码序列进行分类,并将读长分类到其对相应的文件夹中。
进一步考虑:
快速条码试剂盒推荐使用的gDNA总起始量为400 ng。该试剂盒已经针对含有长片段(> 30 kb)的样本进行了优化。若添加的样本起始量少于400ng,或使用更短片段的样本时,有可能会影响测序通量和读长长度。对于只有少量起始材料的样本,可选择使用低起始样本扩增条码试剂盒(Low Input by PCR Barcoding Kit)和快速低起始样本扩增条码测序试剂盒(Rapid Low Input by PCR Barcoding Kit)。
可以购买额外的快速测序接头(Rapid Sequencing Adapter,RAP)(EXP-RAP001)使用快速条码试剂盒(Rapid Barcoding Kit)。
Oxford Nanopore technologies视该产品的使用寿命为自客户收到产品之日起的3个月。
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